El Control de Calidad del agua en la ciudad de Bagua se realiza según el cronograma establecido por la Superintendencia Nacional de Servicios de Saneamiento (SUNASS), las mismas que incluyen la determinación de parámetros físicos tales como: Turbiedad, ph., Conductividad, así como determinación de Cloro residual a la salida de Planta de Tratamiento, reservorios y redes de distribución, contempla además la determinación de parámetros microbiológicos así como de parámetros químicos tales como sulfatos, cloruros, dureza total, color, cobre, nitratos, hierro, manganeso, arsénico, sodio, zinc y aluminio residual; determinado en laboratorios externos acreditados cada 3 meses según normas de SUNASS.
Además se realizan análisis en los parámetros de Metales Totales por IPC, Trihalomentanos.